הגם שמטרות קיומו של המשק החקלאי זהות לכל המשקים החקלאיים בארץ, הרי שההסדרים המשפטיים הנהוגים אינם אחידים והן פועל יוצא סוג החוזה הקיים בין האגודה, הסוכנות היהודית ומנהל מקרקעי ישראל. יש לזכור שהקרקעות עליהן הוקמו הישובים הינן בבעלות המדינה בדרך כלל, וזו האחרונה באמצעות חוזים שונים, כפי שיפורט להלן, מסדירה את זכויות המתיישב בקרקע.

נקדים ונאמר כי במהלך שנת 2018 החל יישום של החלטה 1591 אשר משנה באופן מהותי את זכויות החברים בנחלות (על משמעות החלטה זו ראה בנפרד).

זכויות חכירה – בישובים חקלאיים ותיקים שנוסדו עוד לפני קום המדינה, ניתן למצוא משקים חקלאיים שהוסדרו באמצעות חוזי חכירה לתקופה של 49 שנים. המשמעות היא שלמתיישב יש זכות קניינית במשק, דבר שיש לו השלכה כבדת משקל על זכויותיו ויכולותיו לפעול במשק. ברם, המדובר במיעוט שאינו מייצג את כלל המשקים כפי שיובהר להלן.

זכויות בר רשות – רוב מניין ובניין של המתיישבים במשקים החקלאיים במדינת ישראל הינם בעלי זכויות בר רשות. המדובר בזכות חוזית ולא קניינית אשר מגבילה את המתיישב כמעט בכל פעולה שהוא מבקש לבצע במשק.

זכות זו היא נגזרת של החוזה עליו חתמה האגודה בו נמצא המשק. ישנם שני סוגי חוזים: חוזה משולש המסדיר מערכת יחסים בין רשות מקרקעי ישראל, הסוכנות היהודית והאגודה (ומכאן שמו), וחוזה דו צדדי בו הסדרת הזכויות נעשית בין רשות מקרקעי ישראל לאגודה באופן ישיר ללא תיווך של הסוכנות היהודית (המדובר במושבים אשר פרעו את חובם לסוכנות היהודית).

יוצא אם כן, שיתכן בהחלט מצב בו שני מתיישבים, עם רקע התיישבותי דומה יהיו בעלי זכויות שונות רק בשל אופי החוזה לו כפופה האגודה בה נמצא המשק החקלאי. ולכן, לפני שקובעים מסמרות ביחס למצבת הזכויות של המתיישב במשק, יש לבחון ראשית מכוח מה קיימות זכויות אלה ורק לאחר מכן לפעול.

חשוב לומר שאין קשר בין האמור לעיל לבין חברותו של המתיישב באגודה, שזהו נושא אחר ונפרד.